La dirección y administración del INCOOP está a cargo del Consejo Directivo integrado por un presidente, cuatro miembros titulares y cuatro suplentes.

El Consejo Directivo actual  lo integran:

- Abog. Nilton Maidana (Cooperativas Ahorro y Crédito)

- Lic. Marta Méndez de Bareiro (Cooperativas de Producción)

- Lic. Jorge Cruz Roa (Conpacoop)

- Crio. Pral. (R) Abog. Carlos Núñez Agüero (Otras Cooperativas)

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El Presidente

Lic. Pedro Elías Löblein Saucedo

Presidente del INCOOP  nombrado por Decreto N° 3216 del Poder Ejecutivo el 06 de enero de 2020.