La dirección y administración del INCOOP está a cargo del Consejo Directivo integrado por un presidente, cuatro miembros titulares y cuatro suplentes.

El Consejo Directivo actual  lo integran:

- Abog. Nilton Maidana (Cooperativas Ahorro y Crédito)

- Sra. Simona Cavazzutti (Cooperativas de Producción)

- Lic. Pedro Loblein (Coonpacop)

- Lic. Javier Verdún (Otras Cooperativas)

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El Presidente

Lic. Félix Hernán Jimenez Castro

Presidente del INCOOP  nombrado por Decreto Nº 4510 del Poder Ejecutivo el 03 de diciembre de 2015.